盆栽檸檬一年四季都可以進行修剪，在其生長期修剪，主要是夏季修剪和花期修剪，進行抹芽、摘心、短截，可控制枝條生長，促進果實發育。檸檬在生長季節修剪時，主要有採摘心、短截、疏枝、收縮、扭塗芽、剪主枝、剪根等修剪手法，還要注意對工具消毒，避免植株產生病蟲害。
檸檬樹生長期修剪時，主要注意消毒，避免植株產生病蟲害，種植的檸檬樹如果樹枝數量不多，光線通風良好，徒長枝可以剪短1/2-2/3，
