辣椒根莖腐爛可能是感染了根腐病，在發病初期，可用惡黴靈或甲霜惡黴靈、枯草芽孢桿菌或咯菌氰生根劑灌根防治。辣椒根腐病主要是預防爲主，使用甲霜惡黴靈、多菌靈等進行土壤消毒，種子提前用0.3%的退菌特或0.1%的粉鏽寧拌種消毒，並及時防治地下害蟲和線蟲的危害。
