花菖蒲有花,而且也有果實。它一般在6-7月開花,花莖爲圓柱形,苞片有3枚,花深紫色,直徑在9-10釐米左右,花被管呈漏斗狀,花葯爲紫色。開花後通過授粉,植株還能結果,果期在8-9月份。果實爲橢圓形蒴果,成熟後會開裂,種子爲棕褐色,比較扁平。