使用酸性藥物浸泡，即可殺死果蠅蛹。在日常防治果蠅蛹時，要封閉垃圾箱（桶），保持垃圾箱（桶）底和四周清潔，殘餘的水果也可成為果蠅孳生地；及時清理、丟棄果皮；及時檢查裸露的水果是否被果蠅蛹停留過；及時清洗反覆使用的垃圾筐、罐等。
