萍蓬草每年都能開花,花期一般在5-7月份。作為水生植物,它的花和葉子都在水面上,而且一次只開一朵,花謝後才會有其他花苞長出,如同排隊一樣開花。其花直徑在3-4釐米之間,萼片為黃色,形狀為矩圓形。花瓣為窄楔形,柱頭為淡黃色或帶紅色。