池塘裸藻可人工捕撈，選在每天下午5到6點進行打撈，這樣可減少裸藻數量。池塘裏有裸藻還可採用換水的方法清理，將池塘中40%的舊水都排出掉，然後再注入乾淨的新水，這樣也可減少裸藻的數量，抑制裸藻繁殖。此外，還可通過改變水質的方法，裸藻喜歡pH值大於6.0的水體，可調節水質，加入白醋等酸性物質。
