飛燕草有花和果實。它的花序一般生長在分枝的頂端，下端的苞片爲葉壯，上端的較小，萼片爲紫色、粉色或白色，表面有柔毛。花瓣有三裂，中間的那片頂端還有淺裂，形狀爲卵形。它的果實爲蓇葖果，長1.8釐米，裏面含有種子，種子長2毫米。
