百合爛根後一定要儘快處理，將植株取出。之後將爛掉的部分全部清理乾淨，並徹底消毒處理。消毒後放在通風且陰涼的地方，等傷口晾乾之後再栽種，否則傷口處易感染。注意，若是土培管理的，要換土。水培管理的不僅能要換水，還要清理容器，避免有細菌再次感染。
