短葉雀舌蘭的病害較少，不過在管理期間如果澆水過多，施加的肥料濃度提高或者土壤的透氣性差，容易導致基腐病，會嚴重影響植株生長，嚴重時還會導致死亡。一旦發現要儘快救治，可噴灑多菌靈，一週用一次，注意濃度要低。另外，還要調節管理方法，減少水量，施加低濃度的肥料，還要更換土壤。
