木瓜樹需要施加營養均衡的肥料,比較好用的肥料有綠祚生物菌種液木瓜專用,將其澆在土壤中,其微生物種羣會進行協作,抑制土壤中病原微生物生長,還可改良土壤結構,顯著增強它的抗病、抗旱和抗寒能力,花期施加磷鉀肥,減少氮肥的施加,可促進開花。
在木瓜施肥上,可以將土壤施肥與葉面施肥相結合,不能使用生肥或者是濃肥,而且在雨季的時候,可以不施肥,以免在造成養分的流失。