牡丹和芍藥的最大區別在於牡丹是灌木，木質莖，而芍藥則是宿根草本，革質莖。
其他的區別還有：牡丹葉片寬厚，正面綠色略呈黃色，而芍藥葉片狹薄，兩面均濃綠色；牡丹的花朵着生於花枝頂端，花徑一般在20釐米左右，而芍藥花單生枝頂或近頂端葉腋，花徑在15釐米左右。另外，牡丹一般在4月中下旬開花，而芍藥則在5月上中旬開花，牡丹比芍藥早半個月左右開花。
